W roku 1583 przyjął święcenia kapłańskie i rozpoczął pracę duszpasterską. Najpierw jako sekretarz u boku biskupa Kacpra de la Figuera, potem jako kanonik Kapituły w Urgel, proboszcz i domownik biskupa Andrzeja Capilli. Kapłaństwo diecezjalne nie spełniało jednak jego oczekiwań. Intuicyjnie szukał nadal.
Po obronieniu doktoratu z teologii wyruszył w 1592 roku do Rzymu. Celem było zdobycie beneficjum kościelnego. Stało się jednak coś, czego się nie spodziewał... W Wiecznym Mieście diametralnie zmienia swoje plany. Powodem było osobiste, wewnętrzne doświadczenie, u którego źródeł leżała wrażliwość serca i otwarcie na natchnienie Ducha Świętego. Wędrując ubogą dzielnicą rzymską Zatybrze miał okazję zetknąć się ze smutnym losem dzieci pozbawionych możliwości uczenia się, zepchniętych na margines społeczeństwa. Analfabetyzm tych dzieci determinował ich dalsze życie - pozbawione perspektyw, skazane na uległość złu, na nieustanne szukanie pracy i życie zredukowane do najniższych posług. To był ich dramat. Stykając się z tą rzeczywistością zdecydował, że nie wraca do Hiszpanii. Postanowił się nimi zająć.
Pod wypływem tego spotkania, w 1597 roku, w zakrystii kościoła św. Doroty na Zatybrzu miało miejsce wydarzenie, którego znaczenia nikt jeszcze wówczas nie doceniał. W ten niepozorny sposób powstała pierwsza w Europie bezpłatna szkoła powszechna - otwarta dla wszystkich, nawet najbiedniejszych, szkoła bez żadnych ograniczeń, dostępna do dzieci różnych wyznań, narodowości i kultur. To była prawdziwa rewolucja społeczna! Rewolucja bez fanfar i błysku fleszy. A jednak skuteczna, przemieniająca od środka całe społeczeństwa, wyznaczająca nowy kierunek Europie i światu. Ktoś powiedział głośno i zrobił pierwszy, istotny krok: każde dziecko, nawet to najbiedniejsze, z dołów społecznych, ma prawo do oświaty, ma prawo do wiedzy i godnego życia.
Kalasancjusz rozpoznaje swoje kolejne powołanie - tym razem nauczyciela i wychowawcy. Oto nowy sens jego życia: wychowywanie i nauczanie. Do swoich bliskich w ojczyźnie Józef Kalasancjusz pisze ze spokojem: "Już odnalazłem, tutaj w Rzymie, sposób naśladowania Boga: służbę dzieciom i młodzieży. I nie zostawię tego dla żadnej rzeczy na świecie".
Nie porzucił już nigdy tej misji, chociaż pierwsze lata były niezwykle trudne. Ogromne zainteresowanie szkołą, duża liczba dzieci, kłopoty lokalowe, brak środków finansowych i on, w jednej osobie: nauczyciel, sekretarz, woźny, sprzątający popołudniami sale, strugający pióra, żeby były gotowe na następny dzień. Wkrótce jego sylwetkę znał już cały Rzym - nie tylko, dlatego, że wieści rozchodzą się szybko. Także, dlatego, że aby zdobyć środki na prowadzenie bezpłatnej szkoły sam musiał żebrać i prosić o jałmużnę. Nie wstydzi się tego w imię miłości do dzieci. A świadectwo pociąga...
Przyłączają się do niego inni, młodsi i starsi, z wysokich rodów i plebejscy młodzieńcy - razem tworzą wspólnotę. Żyją i mieszkają razem. Razem pracują, razem chodzą po kweście, razem odprowadzają dzieci do ich domów. Prawdziwa wspólnota szalonych osób oddanych idei oświaty, bo jak inaczej ich nazwać, skoro żyją z dnia na dzień, jedzą wtedy, kiedy ktoś wrzuci drobny pieniądz do skarbony, głodują, gdy braknie hojnych?
Mieli serce. To się liczyło! Chcieli tak przeżyć swe życie. Decydują, że będzie tak zawsze. Józef Kalasancjusz rozpoznaje w sobie kolejne - trzecie - powołanie. Zakonnika! Powstaje wspólnota zakonna. Przyjmują nazwę: Zakon Szkół Pobożnych (w Polsce: pijarzy). To był rok 1621. A jeszcze przed Założycielem pijarów kilkadziesiąt lat intensywnej pracy...
Dzieło szkół rozwija się szybko i dynamicznie - królowie wielu państw, książęta i rady miejskie zwracają się do Józefa Kalasancjusza z prośbą o przybycie jego zakonników. Szkoły powstają już nie tylko w Italii czy Królestwie Neapolu, ale także na Sycylii, Morawach, w Polsce, Hiszpanii, w krajach niemieckich.
Ostatnie lata Kalasancjusza są smutne. Wizytacja apostolska, w wyniku niewyjaśnionych do końca okoliczności doprowadza do skasowania Zakonu. Józef Kalasancjusz umiera, ale braciom zostawia nadzieję - ufajcie, jeśli to jest dzieło Boże na pewno odrodzi się na nowo. Śmierć przychodzi w nocy z 24 na 25 sierpnia 1648. Osiem lat później Zakon rozkwita na nowo, obumarłe ziarno wydało plon. Stokrotny... Nadzwyczajny...
W roku 1748 Józef Kalasancjusz zostaje beatyfikowany, kilkanaście lat później kanonizowany. Rok 1948 to kolejne świadectwo Kościoła o jego oddaniu i świętości życia - Pius XII ogłasza go "Patronem podstawowych szkół chrześcijańskich na całym świecie".
...trudno dzisiaj przecenić. Postawmy to pytanie:, na czym polegała jego nadzwyczajność?
Założenie pierwszej w Europie bezpłatnej szkoły powszechnej, a potem zakonu pijarów, który miał je prowadzić, było wydarzeniem, którego pozytywne skutki trudno dzisiaj ocenić. Jedno jest natomiast pewne: niewątpliwie to, co zrobił w tamtych latach po Soborze Trydenckim było genialne.
Kościół, za jego pośrednictwem, zrobił wyłom - wyszedł poza przestrzeń wyznaczoną przez chór, ambonę i konfesjonał (zadania ważne, ale niewystarczające). W owym czasie - tak Kościołowi jak i społeczeństwu - pilnie trzeba było instytucji, przez którą mogliby przejść wszyscy obywatele. Takiej, która byłaby zdolna odcisnąć w ich umysłach i sercach niezatarty znak chrześcijański. Taką była szkoła obowiązkowa, skierowana do wszystkich, dla wszystkich bezpłatna, powszechna, nierobiąca różnicy dla wyznania dziecka. I historia przyznała rację Kalasancjuszowi...
Jego umysł wybiegał na dziesięciolecia w przyszłość i wyprzedzał najbardziej światłych tamtej epoki. Tylko ktoś, kto widzi więcej, może w tak prostych słowach opisać sens edukacji i oświaty: "Jeśli od najmłodszych lat będzie wychowywać się dzieci w pobożności i nauce, można spodziewać się szczęśliwego biegu całego ich życia"... Czy trzeba coś dodawać?
Kiedy należało obronić ideę nauczania biedoty rzymskiej pisze swoisty Kantyk na cześć wychowania: "Apostolstwo wychowania jest najbardziej godne, najszlachetniejsza, najbardziej zasługujące, najbardziej dobroczynne, najpożyteczniejsze, najkonieczniejsze, najbardziej naturalne, najbardziej racjonalne, o największej wdzięczności, najprzyjemniejsze i o największej chwale". Memoriał do kardynała Michelangelo Tontiego był rzeczywiście skuteczny...
Patron uczniów i nauczycieli
Św. Józef Kalasancjusz odkrywając kolejne powołania - od kapłańskiego, przez szkolno-wychowawcze, aż po zakonne - na każde odpowiadał "tak". Kościół - poprzez akt zatwierdzenia ostatniego zakonu, jakim są pijarzy - w szczególny sposób docenił powołanie nauczycielskie i wychowawcze.
Uznając osobę Założyciela pijarów za świętą, uczynił krok dalej. W roku 1948, w 300 lecie jego śmierci, Papież Pius XII ogłosił go "Patronem przed Bogiem wszystkich Chrześcijańskich Szkół Powszechnych na całym świecie".
Stąd też mają go za Ojca Opiekuna uczniowie przedszkoli, szkół podstawowych i innych szkół równoległych. Trzy lata wcześniej Hiszpański Związek Nauczycielski obwołał go patronem nauczycieli hiszpańskich. To samo uczyniła Argentyna, która przepisem prawnym nr 13663 rozciągnęła jego patronat także na szkołę średnią.